Lydia Danglot est également formatrice à l’Inserm depuis 2013, pour 3 formations au niveau national, ouvertes aux chercheurs, ingénieurs, post-doc et étudiants.

• Formation " Du Microscope aux figures finales avec la suite Adobe " (3 jours): Cette formation est destinée à familiariser tous les scientifiques avec les différents logiciels permettant de passer des images acquises au microscope jusqu'à la publication de figures finales pour les revues scientifiques.
  

  En quelque sorte un " nécessaire de survie" en infographie pour les scientifiques: 1. Introduction aux formats d’images avec les logiciels gratuits ImageJ, Fiji ou Icy. 2. Conversion et colorisation des images sous Photoshop : Intérêt des calques et des outils texte, export et compression en différents formats (JPG, TIF, EPS, PDF).

  3. Construire des graphiques, schémas et posters avec Illustrator Savoir manier rapidement le dessin avec la plume, les courbes de bézier, vectoriser un dessin scanné. Modifier les graphiques issus de Excel ou GraphPad Prism. 4. Mise en page de figures et de thèses avec « In Design » Créer une figure sans rogner les images brutes en utilisant les liens dynamiques. Imposer le format d'export (résolution 300/600 ppi, RVB/CMJN, taille de l'image). Echanges et compression avec Adobe Acrobat.

• Formation " Microscopie et Analyses d'images : de ImageJ à Icy " (4 jours): Cette formation est destinée à initier les scientifiques aux logiciels d'analyse d'images en microscopie ayant l'avantage d'être gratuits et multi plateformes (mac, pc, linux).
  

  En quelque sorte une " boite à outils" pour l'analyse d'images en microscopie: 1. Introduction à l'analyse d'image : Rappels sur la fluorescence, ouverture numérique, LUT, formats d'images, régions d'intérêts, 2D ou 3D+temps... Prise en main des logiciels : savoir ouvrir et travailler les formats d’images propriétaires issus de microscopes avec les logiciels ImageJ, Fiji ou Icy. 2.  Segmentation, détection et suivi d'objets biologiques (particules, cellules et organismes):  Segmentation, seuillage, détection par ondelettes, contours actif permettant le tracking automatique de cellules en déformation et/ou migration. Quantifications en histologie et fluorescence (color picker, barre d’échelle, mesures et colocalisations,…)

  3. Automatisation des tâches sous Icy Utilisation des protocoles d'Icy : automatisation des taches sous formes graphiques sans aucune ligne de code. Et pour les plus agiles : Macros développées en Javascript.  4. Atelier pratique avec manipulations et quantifications: Exercices pratiques sur images sélectionnées par les formateurs et amenées par les stagiaires, résolution des problèmes particuliers.

• Formation " Icy Niveau2: Analyses spatio-temporelles" (2 jours): Cette formation de niveau avancé, permet de faire le point sur les techniques de déconvolution, d'analyses spatiales (colocalisations) et de tracking au cours du temps.
  

  - Bref rappels de segmentation pour la détection et suivi d’objets biologiques (cellules, organelles, vésicules, molécules uniques): seuillage, détection par ondelettes, contours actifs, HK-Means. - Préparation des images ou séquences temporelles : crop 5D, recalage et déconvolution. Approfondissement sur les outils d’analyse spatiale - Différences entre colocalisation et couplage. - Quelles méthodes pour identifier les évènements de colocalisation/couplage entre 2 ou 3 canaux ? - Analyse statistique spatiale - Evaluation des distances entre plusieurs ROI (membrane, organelles, vésicules).

  Approfondissement de l’analyse temporelle - Suivi de fluorescence au cours du temps dans des régions d’intérêt dédiées et export automatique vers excel. - Détection et tracking de particules/cellules au cours du temps. Filtrage des tracks (selon la durée, la distance parcourue, le déplacement net). Visualisation des trajectoires en 2D ou 3D. - Identification des évènements d’endocytose ou d’exocytose. Automatisation - Automatisation des taches grâce aux protocoles d'Icy: « Macros conviviales» sous formes graphiques afin de réaliser ces analyses en traitement par lot. - Renommer et colorer les régions d’intérêt avant l’export des datas dans excel. - Tri et Export des données vers excel dans le cas des traitements par lots. - Cas pratiques sur images préparées par les formateurs : cas les plus répandus (quantification de colocalisation, applications des ROIs d’un canal sur un autre, comptage de particules, …). - Cas pratiques sur les images des stagiaires et résolution des problèmes particuliers.